MBR膜元件的三大类污染及浓差极化现象均存在一个累积过程。膜系统在正常运行过程中，定期进行水力冲洗，对于减弱与缓解MBR膜污染起着重要的作用。对污水处理预处理工艺相对薄弱的中小型污水处理系统，水力冲洗的效果尤为明显。

       所谓水力冲洗是停止系统的正常使用膜的过程，而进行专门膜冲洗程序。水力冲洗又分为正向冲洗与反向冲洗两种方式。正向冲洗(简称正洗) 是采用原液以低压大流量方式冲刷污染的MBR膜元件面，以消除浓差极化、膜表面的污染物及滤饼层;反向冲洗(简称反洗)是采用透过液以高压大流量方式冲刷污染的膜孔，以消除浓差极化膜孔中的污染物及滤饼层。正冲的工艺简单、能量损耗小，但冲洗效果较差;反冲的工艺复杂、能量损耗大，但冲洗效果较好。

       针对轻度膜污染，可以采用水力冲洗方式加以消除。水力冲洗工艺中还存在冲洗的频率、时间、压力、流量等冲洗工艺参数。正冲洗时流量是主要参数，而反冲洗时压力是主要参数。全量过滤运行方式下有孔膜的频繁正反冲洗是不可或缺的，错流过滤运行方式下有孔膜的正反冲洗频率相对较低。冲洗的时间与冲洗效果直接影响着系统的工作效率，而决定冲洗频率的主要是系统给水水质、系统运行方式及系统运行参数等因素。错流运行方式下的冲洗水可以回用，而全量过滤运行方式下的冲洗水一般选择排放。

       超滤、微滤等有孔膜清洗过程中，可在反冲之前先对膜进行正向施加正向气压，而后再施加反向水压，以利于从膜面上大面积剥离滤饼层，该工艺称为“正压气反冲洗”。由于复合膜的复合层与基层的连接较弱，复合膜结构一般不适合反向冲洗。